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**** - 竞价公告 (CB105********1128)
发布时间: 2019-09-03 18:38
基本信息: | |
申购单主题: | 茄科植物全基因组测序 |
申购单类型: | 竞价类 |
设备类别: | 其他 |
使用币种: | 人民币 |
竞价开始时间: | 2019-09-03 18:38 |
竞价结束时间: | 2019-09-10 10:00 |
申购备注: | |
申购设备详情: |
茄科植物全基因组测序 | 1 | 批 | 文库构建服务 | 无 | 否 | 按行业标准提供服务;测序服务达到以下要求:1,文库合乎上机要求;2,数据产出:二代Q30>83%,三代Raw Quality大于0.80(未达到要求的,重新补测) | 1. 技术目标:完成3个植物全基因组测序 2.技术内容:(1)提取高质量的DNA样品;构建350bp二代文库;使用MGI2000平台进行双末端测序;测序数据量不低于300G clean data ;且80%以上碱基质量值在Q30以上。 (2)使用PacBio测序仪平台进行测序;对检测合格的DNA样品构建不少于6个20kb大片段文库;测序下机的总测序数据量不低于300G clean data,且Raw Quality大于0.80,数据平均长度为9-15kb,N50为12-20kb。 (3)基因组组装:对下机的PacBio数据进行基于三代测序技术的组装,并使用MGI2000测序数据进行校正,组装的结果要求达到如下指标:基因组完整度达到90%以上,ContigN50不低于500kb;在上述指标符合预期后结合其他辅助技术进行高质量基因组图谱的组装,全面提升组装连续性并达到染色体水平。 3.技术方法和路线: 生物信息分析: 基因组survey分析:首先对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量read的处理,然后对产出的数据进行初步分析并进行质控,随后进行基因组组装、GC-depth分布分析、GC含量分析、测序深度分析、常染色体区域覆盖度评估以及基因区覆盖度评估; denovo组装分析:使用canu和falcon等三代主流组装软件,对Pacbio三代数据进行组装,优化软件参数,获得最优的组装结果,单个物种ContigN50不低于500kb; 基因组注释分析:包括重复序列注释,基因结构注释,基因功能注释,非编码RNA注释; 基因组进化分析:包括基因家族聚类,物种进化树构建,系统进化分析,物种分歧时间估算,基因家族扩张和收缩,正选择分析,全基因组复制分析,基因共线性分析。 4 周期 建库和测序在45日内完成,组装于测序数据下机后90日内完成 | 无 |
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