[校内分散采购（公示后用户自购）]华南农业大学3枇杷基因组测序分析项目技术服务采购结果公告

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[校内分散采购（公示后用户自购）]华南农业大学3枇杷基因组测序分析项目技术服务采购结果公告

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2021年09月13日

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枇杷技术服务

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[校内分散采购（公示后用户自购）]****大学3枇杷基因组测序分析项目技术服务采购结果公告

发布时间：2021-09-13

服务类项目采购公示表

采购计划单号：SQ****1244

公示项目名称	****大学3枇杷基因组测序分析项目技术服务
用户单位名称	****	联系人/电话	彭/138**5246
采购计划预算	转/零A538-2021年高等教育“冲补强”高水平-人才引进及师资建设-引进人才科研启动8	经费卡号	221071
公示日期	2021-09-14 08:00:00-2021-09-16 17:00:00
项目需求	一技术目标： 1.1.1样品检测合格后，乙方基于Illumina和PacBio测序技术平台，构建基因组测序文库进行测序，并获得测序数据。 1.1.2（1）乙方完成甲方3个样品的提取、检测； 1.基因组调研图具体技术指标：进行Illumina二代测序，获得测序数据64 Gb（clean data可能存在上下2%的浮动，以质控后的fastq格式提供）； 2.基因组精细图具体技术指标： (1) 进行PacBio HiFi（CCS）测序，获得测序数据 30 Gb subreads（去除污染前，clean data允许存在下浮5%；若终数据在90%-95%，则按照每少1 Gb总金额减500元核算）； (2) Contig N50大小不低于 1 Mb（二倍体且杂合度≤1%时，承诺1Mb；其他需评估）； (3) 完成甲方提供的多组织材料转录组测序，共 12 Gb数据量，用于全基因组基因预测。 3.完成甲方提供的多组织材料进行Nanopore全长测序，共6 Gb数据量，用于全基因组基因预测。 4.Hi-C辅助基因组组装的具体技术指标： (5) 利用Illumina测序平台进行测序，获得测序数据 80 Gb（clean data可能存在上下2%的浮动）； (6) 将至少90%的基因组序列定位到染色体（2n=2x=；多倍体需评估）。 2.2、技术路线：乙方采取以下技术路线进行DNA-遗传图谱测序分析：样品制备――上机测序――生物信息数据分析。 2.3、生物信息分析内容：二标准分析内容 1. 基因组调研图： (1) 评估基因组大小； (2) 评估基因组杂合情况； (3) 评估重复序列比例； (4) 评估基因组GC含量； 2. 下机数据过滤； 3. 基因组精细图： (1) 基因组组装； (2) 全基因组精细注释：编码基因预测；重复序列注释和转座元件分类；Non-coding RNA注释；假基因注释； (3) 基因功能注释：NR、eggNOG、GO、KEGG、TrEMBL、Swissport、Pfam和InterPro注释 4. 染色体构建： (1) 测序及数据统计和过滤； (2) Hi-C文库评估； (3) Hi-C染色体定位； a) 组装序列染色体群组划分； b) 组装序列各群组内排序； c) 组装序列各群组内定向； (4) Hi-C定位后统计与评估； a) 全基因组circos圈图( TE,gene,GC,共线性）评估； b) 遗传标记评估（如无遗传图谱请去掉这一条）； c) 共线性评估（参考物种必须同属物种，且为染色体水平）热图评估；三项目周期：150个自然日项目周期是指乙方收到首付款、样本检测合格且甲方发出书面确认项目启动邮件次日起到乙方向甲方提供标准分析结题报告的周期。非标准分析周期需根据分析内容确定，此时间不计入项目周期。若在测序或数据处理中遇到非因乙方原因造成的技术障碍，乙方应当自技术障碍出现时起5 个工作日内通知甲方并与甲方沟通，经甲方书面确认后，双方沟通时间及处理障碍的时间从周期中扣除，因乙方未按时通知而造成的延期时间计入项目周期。（1）乙方在收到甲方样品及相关纸质版和电子版信息单后开始样品检测：乙方在乙方在10 个工作日内完成样品检测并向甲方提供样品检测报告。若样品检测合格则进入第二阶段；若样品检测不合格，乙方应立即书面通知甲方重新送样。（2）乙方在样品检测合格，且收到甲方支付的项目首付款后 30 个工作日内完成全部测序及测序数据的处理工作并向甲方提供结题报告，请甲方收到结题报告后进行书面的结题确认，甲方验收结题报告合格后乙方应将所有测序数据和标准分析结果提交给甲方并开具的等额、合法发票，甲方收到发票后在 5 个工作日内将项目尾款转入乙方账户。
预算测算依据	基因组调研图：每个样品测64 G 基因组精细图：每个样品测30 G Hi-C辅助基因组组装：每个样品测80G 三代ONT转录组辅助基因组组装：每个样品测12G 二代转录组辅助基因组组装：每个样品测10G 60000元/样本，共3份；共180000元
一家或以上单位报价	单位名称： **** 报价：180,000元
推荐承办单位名单及承办价格	承办单位：**** 承办价格：180,000元
备注