项目概况

****2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目 采购项目的潜在供应商应在****一楼获取采购文件，并于2023年09月19日 14点00分（**时间）前提交响应文件。

一、项目基本情况

项目编号：****

项目名称：****2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

采购方式：竞争性磋商

预算金额：13.****000 万元（人民币）

最高限价（如有）：13.****000 万元（人民币）

采购需求：

****2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

竞争性磋商招标公告

****受采购人的委托，对****2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目进行竞争性磋商招标，请合格供应商前来参加投标。

1、项目编号：****

2、项目名称：****2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

3、采购项目类型：服务类

4、采购预算：134400.00元

5、采购内容及范围：国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验。

6、服务期限：签订合同后30个工作日

7、质量标准：参考国家致病菌识别网的技术要求手册操作，符合国家及现行相关专业规范的合格标准。

8、付款方式：提交实验结果并出具成果文件后30日内一次性支付。

9、执行地点：****

10、评审方法：综合评分法

11、投标人资格条件：

11.1拟参加本项目的潜在供应商必须符合《****政府采购法》第二十二条的规定；

11.2潜在供应商具备有效的营业执照，并在人员、设备、资金等方面具有相应的服务能力；

11.3****政府采购活动近三年没有重大违法记录，已被列入企业经营异常名录、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单,政府采购严重违法失信行为信息记录****政府采购活动；供应商、供应商的法定代表人及其被授权委托人未****商行政管理部门严重违法失信企业名单（以 信用中国 查询结果为准）。

11.4本项目不接受联合体投标。

12、参与方式和标书获取方式：

12.1 获取方式：2023年09月07日 2023年09月13日，每日08:30时 11:30时，13:30时 16:30时（**时间），到********开发区****门市一楼）获取招标文件。

12.2单位地址：****(黑龙****开发区****门市一楼)。

12.3公告期限：5个工作日

13、发布公告的媒介

本次招标公告在《中国政府采购网》http://www.****.cn/上发布。

14、询问和质疑：

对本次招标中的采购需求、评审结果等实体性事项的询问和质疑由采购人负责；对本次招标的过程、工作纪律等程序性事项的询问和质疑由项目经办人负责。

15、本次采购不组织标前答疑会。

16、投标开始时间:2023年09月19日13:30时（**时间），投标截止、开标、招标会开始时间:2023年09月19日14:00时（**时间）。

注：投标代表须持本人身份证原件亲自递交投标文件，否则投标文件被拒收。

17、开标地点：

****（黑龙****开发区****门市二楼）会议室。

18、投标有效期：90日历天

19、联系方式：

招标人：****

地 址：**市****河路28号

联系电话：188****1515

联系人：刘先生

招标代理机构：****

地 址：黑龙****开发区****门市

联 系 人：曹先生

电 话：0453-****009

2023年09月07日

技术服务要求

一、采购标的需实现的功能或者目标：

需要****中心2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验。

二、采购标的需执行的国家相关标准、行业标准、地方标准或者其他标准、规范：

参考国家致病菌识别网的技术要求手册操作

三、采购标的需满足的质量、安全、技术规格、物理特性等要求：

（一）项目清单

（二）病原菌分子分型、耐药检测和全基因组测序

（三）项目实施说明

1、基本要求

（1）病原菌分子分型要求：

脉冲场凝胶电泳技术，脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）选用识别稀有酶切位点的限制性内切酶切割基因组DNA，获得的DNA片段在外加脉冲电场的低浓度琼脂糖凝胶中分离，产生数量有限的DNA条带。PFGE分型力好、分辨力高、可重复性好、已有成熟的标准化技术方案。

指纹图谱数据要求：图谱大小最佳300kb左右， TIFF格式图片；图谱质量：泳道要值，条带要清晰；图片参数：灰度为8bit。

MLVA根据成像DNA的大小,确定每一个可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数,再用Bio Numerics进行聚类分析,确定基因分型。

MLST是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。

（2）药敏试验

按照致病菌识别网的要求进行药敏试验服务，交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

（3）病原菌全基因组测序

1）病原菌全基因组测序的研究策略主要分为DNA 的提取、建库、测序。

核酸提取操作需符合试剂盒说明书的要求，提取后应进行质量测定， 核酸质量质控要求如下：

a）OD260/OD280在1.7~1.9之间，OD260/OD230大于2。

b）1%琼脂糖凝胶电泳测定：取5-10 l样品电泳（电压150V，40~50min）。DNA样品应无杂带或拖尾。无蛋白质污染（污染显示为紫外灯下点样孔附近有亮带）。

DNA 的完整性可用具有核酸片段大小检测功能的设备进行测定，如果出现大部分片段在 200bp 以下，说明 DNA 降解严重，需要重新采集和制备样本。

根据采用的测序系统的要求确定文库所需的片段化长度范围。根据不同建库试剂盒，可选用物理打断法或酶切打断法。

其中文库质量控制主要包含浓度的质控；浓度围殴采用核酸荧光检测仪检测文库的浓度，建库后浓度满足不同测序仪上机文库的最低浓度标准。上机前需根据不同测序系统对文库浓度的要求进行稀释。

测序方法采用边合成边测序的方法，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对模板DNA进行测序。

c）乙方为检测数据提供生物信息学分析，包含检测样品的基因组组装，实现细菌框架图。

原始测序数据指得是通过测序以后产生的数据，其**始数据包含接头信息，低质量碱基，未测出的碱基（以N表示），这些信息会对后续的信息分析造成很大的干扰，通过精细的过滤方法将这些干扰信息去除掉，最终得到的数据即为有效数据，我们称之为clean data 或 clean reads，该文件的数据格式与Raw data完全一样，具体测序质量控制如下：

d)数据量：PE100 及以上测序，高质量测序数据 1Gb。最终获得的单菌高质量测序数据需为所测细菌种属基因组长度的 100X 或以上。

e)准确度：Q30比例 85%

f)去接头后连续为N的数据

基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装，生成基因组的序列,基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。

基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapping assembly), 从头组装是指不需要依靠任何已知的基因组信息；映射比对组装就是需要把测序序列和参考基因组来比对，找到序列的对应位置再进行组装。

测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp，contig是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig；获得contig之后还需要构建paired-end或者mate-pair库，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺。

组装后的基因组覆盖度 95%；整体覆盖度 100X；Scaffold 个数小于 100 个，细菌框架图，拼接完成对应生成的结果文件为 .fasta格式。

2、样品质控

（1）乙方负责对收到的样品进行质控，并将质控信息提供给采购人。

（2）病原菌分子分型，从接收到全部检测样本之日起15个工作日完****中心结果和图谱。

（3）病原菌药敏试验，从接收到全部检测合格样本之日起15个工作日完成检测，并交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

（4）病原菌的全基因组序列及框架图，从接收全部检测样本之日起30个自然日内完成检****中心序列及框架图。

3、数据接收与确认

（1）服务期内，乙方向甲方提交符合要求的检测结果，PFGE高清胶图、药敏试验结果并提供病菌的全基因组序列及框架图，以硬盘方式或甲方要求的方式送至到甲方指定联系人接收。

（2）甲方通过乙方提供的服务成果，上传至 ****实验室检测信息系统 ，如被驳回，乙方需免费重新进行检测并向甲方提供相关图谱等材料。

4、质量保证

（1）乙方提供的测序服务，以技术参数中的要求为准，超出正常标准范围的，由乙方承担相关服务成本，不再收取其他费用。

（2）不符合技术参数要求的样品，乙方须对其提供免费的加测或重测服务，并保证达到技术参数要求。

（3）乙方实施的服务期限长于招标文件规定时（以中标人的投标文件为准）， 出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等 等）提供服务。

5、技术服务

（1）按照国家致病菌识别网相关要求，乙方委派专人上门取样，按照生物安全要求进行样品运输，专人与甲方进行对接，对于甲方提出的相关咨询，乙方工作人员及时予以回复。

（2）乙方在服务过程中，应妥善保管甲方送交的样品和样品信息，以免丢失、缺少、变质或污染。试验结束后，如检测样品仍有剩余，乙方按照要求进行返样。

（3）乙方在数据通过验收后，应保存原始数据一年，如甲方需要，乙方需重新交付原始数据。一年后无通知或一年内甲

方通知乙方，乙方应将甲方的所有备份信息予以销毁。

（4）质保期内出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等等）提供服务。服务期满后，中标人应及时优惠提供所需的相关服务。

（5）乙方对甲方的实验数据及相关信息应承担永久保密义务。

（6）如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担责任。

（7）乙方可根据甲方需要，提供所有实验记录的电子版以供查验。

合同履行期限：服务期限：签订合同后30个工作日

本项目( 不接受 )联合体投标。

二、申请人的资格要求：

1.满足《****政府采购法》第二十二条规定；

2.落实政府采购政策需满足的资格要求：

/

3.本项目的特定资格要求：1.拟参加本项目的潜在供应商必须符合《****政府采购法》第二十二条的规定；2.潜在供应商具备有效的营业执照，并在人员、设备、资金等方面具有相应的服务能力；3.****政府采购活动近三年没有重大违法记录，已被列入企业经营异常名录、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单,政府采购严重违法失信行为信息记录****政府采购活动；供应商、供应商的法定代表人及其被授权委托人未****商行政管理部门严重违法失信企业名单（以“信用中国”查询结果为准）。4.本项目不接受联合体投标。

三、获取采购文件

时间：2023年09月07日 至 2023年09月13日，每天上午8:30至11:30，下午13:30至16:30。（**时间，法定节假日除外）

地点：****一楼

方式：现场获取

售价：￥0.0 元（人民币）

四、响应文件提交

截止时间：2023年09月19日 14点00分（**时间）

地点：****二楼会议室

五、开启

时间：2023年09月19日 14点00分（**时间）

地点：****二楼会议室

六、公告期限

自本公告发布之日起3个工作日。

七、其他补充事宜

详见公告

八、凡对本次采购提出询问，请按以下方式联系。

1.采购人信息

名 称：****

地址：**市****河路28号

联系方式：刘先生 188****1515

2.采购代理机构信息

名 称：****

地 址：黑龙****开发区****门市

联系方式：曹先生 0453-****009

3.项目联系方式

项目联系人：刘先生

电 话： 188****1515