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广西药用植物园关于辅助决策知识库开发服务项目采购的公告（第二次公告）
招标详情
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****植物园关于 辅助决策知识库 开发服务项目采购的公告（第二次公告）
发布时间：2024年08月21日
****植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告（第二次公告）
****植物园因科研工作需要，拟对“辅助决策知识库”开发服务项目进行采购。于2024年8月13日发布了采购公告，但因递交响应文件的供应商不足三家，采购失败。现进行第二次采购公告（采购需求有调整），有关事项公告如下：标书代写
一、采购项目名称
“辅助决策知识库”开发服务项目
二、预算金额
38万元（含税）
三、采购需求主要内容
在指定的30个权威公开生物医学数据库获取所有数据信息，再将获取到的数据进行清理，整合，转换，最终通过数据库设计、存储与部署，创建形成新的辅助决策知识库，并且基于辅助决策知识库做生物信息学分析。项目在质保期内，若源数据库信息产生更新，则需同步更新至该辅助决策知识库。
四、具体需求参数
1.需要整合超过5万个基因/蛋白信息（包括基因信息，分子通路，分子功能以及蛋白相互作用关系）；
2.超过5000个中药及分子信息（包括中药成分及靶点关系、中药毒理信息、中药肝损伤信息和中药代谢信息）；
3.超过50万个西药/化合物及分子信息（包括西药及靶点关系、化合物及靶点关系，药物肝损伤和药物副作用信息）；
4.超过2万个疾病表型及分子信息（包括疾病信息和疾病-基因关系）；
5.需要结合实体抽取和关系抽取等自然语言处理技术，以及实体和概念对齐，实体映射等知识融合技术，实现生物医学知识的抽取，对齐和融合，形成数据库。
6.具体到各个源数据库包含的实体类型，关系类型以及数据量都有所差别，因此实际数据量无法确定，暂按每个数据库中能找到的数据及数量进行参考。
7. 响应时间：数据库查询响应时间≤5s；
8. 操作系统和硬件平台支持:确保数据库系统能够在不同的操作系统（包括Windows、Ubuntu和CentOS系统）和硬件平台上（CPU内核数量不小于4，内存不小于16G，存储不小于1T）运行。
9. 数据格式和接口兼容性:确保数据库能够处理各种数。据格式和接口，包括但不限于SQL标准、API接口等。
10. 数据库类型：结构化数据库MySQL，其中结构化数据存储到MySQL数据库，格式为.sql文件；非结构化数据以文本形式存储，格式为文本.txt等。
| 一级类别 |
二级类别 |
数据库 |
数据量（参考值） |
| 基因/蛋白 |
基因信息 |
基因数据库NCBI Gene |
60000个基因 |
| 分子通路/ 分子功能 |
分子通路数据库KEGG |
305个通路 |
|
| 分子功能标注数据库COG |
4600个COGs |
||
| 分子功能标注数据库GO |
47000个GO条目 |
||
| 蛋白相互作用关系数据 |
蛋白互作数据库STRING11 |
839000 PPIs（Score>700） |
|
| 蛋白互作数据库BioGRID |
860000 PPIs |
||
| 蛋白互作数据库HI_union |
62000 PPIs |
||
| 蛋白互作数据库IntAct |
7600 PPIs |
||
| 中药 |
中药、成分、靶点、疾病及其关系 |
中药分子信息数据库SymMap |
658个中药、24000个成分、19000个靶点、13000个疾病以及它们之间的关系 |
| 中医药百科全书数据库ETCM |
1800个草药，37000个成分，1040个靶点以及它们之间的关系 |
||
| 本草组鉴数据库HERB |
6900个中药，47000个成分，12800个靶点以及它们之间的关系 |
||
| 中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP |
449个中药，11000个成分，以及它们之间的关系 |
||
| 中药分子信息数据库TCMBank |
8900个中药，59000个成分，13500个靶点以及它们之间的关系 |
||
| 中药分子靶点数据库HIT2.0 |
1100个中药，1100个成分，2000个靶点以及它们之间的关系 |
||
| 中药分子靶点数据库BATMAN |
8300个中药，38000个成分，9500个蛋白以及它们之间的关系 |
||
| 中药毒理 |
中药系统毒理学数据库TCMSTD |
242个中药，4100个成分，210个有毒成分，2300个靶点，以及它们之间的关系 |
|
| 中药肝损伤 |
药物性肝损伤专业数据库Hepatox |
西药，中药和中成药共600余个 |
|
| 中药代谢 |
中药血液吸收成分及代谢物数据库DCABM-TCM |
184个中药，1640个化合物以及它们之间的关系 |
|
| 西药/化合物 |
药物及靶点 |
药物靶点数据库DrugBank |
5200个药物，2100个靶点以及它们之间的关系 |
| 药物靶标数据库TTD |
38000个药物，3600个靶点以及它们之间的关系 |
||
| 配体受体数据库GLASS |
51余万化合物靶点关系 |
||
| 药物分子靶标数据库BindingDB |
538000余化合物，2600余靶点以及它们之间的关系 |
||
| 化合物及靶点机制 |
化合物数据库ChEMBL |
230余万化合物，14000余靶点以及它们之间的关系 |
|
| 比较毒物基因组库CTD |
13000余化合物，51000余基因以及它们之间的关系 |
||
| 药物肝损伤 |
药物肝损伤数据库LiverTox |
560个药物 |
|
| 药物副作用 |
药物副作用**数据库SIDER |
1000药物和920个疾病表型以及它们之间的关系 |
|
| 疾病/表型 |
疾病信息及分子机制 |
疾病分子信息数据库SympGAN |
17000余疾病表型和18000余基因以及它们之间的40余万关系 |
| 疾病基因关系数据库DisGeNet |
12000个疾病和8500个基因以及它们之间的13余万关系 |
||
| 疾病分子信息数据库OMIM |
6200个疾病表型和15000个基因信息 |
||
| 疾病分子信息数据库MalaCards |
18000个疾病及其基因信息 |
五、报价资料（文件名称格式请命名“辅助决策知识库”开发服务项目报价—xxx公司（xx万元）,按顺序排版PDF，每页加盖公章）。
（一）封面：报价项目名称、报价公司、联系人及电话；
（二）营业执照副本扫描件（原件备查）；
****公司法定代表人身份证明，授权委托人的授权委托书及身份证扫描件（原件备查）。企业信誉状况良好，自成立以来三年内无违法记录。
（四）开发服务内容及报价（含税）。
五、报价要求
报价时间：2024年8月21日起至8月26日12:00截止。
报价方式：网络邮箱报价。
邮箱：****@163.com
联系人：0771-****824 马工
纪检监督电话：0771-****795 朱老师
****
2024年8月21日
招标进度跟踪
2024-08-21
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当前信息
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