上海市第十人民医院采购意向公示 10x Visium CytAssist空间转录组测序

为便于供应商及时了解****采购信息，参照《****政府采购意向公开工作的通知》（财库〔2020〕10号）等有关规定，现将医院采购意向公开如下：

样本类型：小鼠组织

样本数量:4个

1. 10x Visium CytAssist空间转录组测序参数指标

（1）检测技术方法：在Visium CytAssist工作流程中，在普通玻片上进行的是冰冻组织或 FFPE 组织切片的脱蜡、染色、成像、解交联和探针杂交（其脱蜡和解交联仅用于FFPE组织切片）。探针杂交采用RNA模板连接（RNA-templated ligation, RTL）机制，针对特定基因，设计成对探针与其靶标杂交，连接、释放，以及cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：

l 切片制备：将OCT包埋好的冰冻组织或FFPE组织。在莱卡冰冻切片机上对组织进行冰冻切片（10μm）。

l RNA质检：选取30um厚度的切片，进行RNA抽提质检，质检结果满足DV200＞30%，即可进行后续空转实验。

l HE染色质检：并将10um组织切片贴在标准玻片上，进行 HE 染色。并在 20×分辨率的 3D HISTECH Pannoramic MIDI FL 全玻片扫描仪上拍摄明场图像。用于框选正式实验区域

l 捕获探针杂交：将两个普通玻片和一张含有2个捕获区域（6.5 mm x 6.5 mm或11 mm x 11 mm）的 Visium 建库芯片放入Visium CytAssist仪器中，使普通玻片上的组织切片与 2 个 Visium 捕获区域对齐；随后，通过 Visium CytAssist 仪器捕捉明场图像，确定感兴趣的病理区域；最后，Visium CytAssist将普通玻片组织切片上的转录组信息转移到Visium捕获区域，Visium捕获区域通过带有不同位置标签的探针捕获转录组信息，从而获取石蜡切片不同空间位置的转录表达水平。组织被渗透后，释放连接的探针对，结合捕获载玻片上的探针，以此捕获基因表达信息。

l 文库构建和测序：从载玻片转移 cDNA 后，进行空间条形码编码，通过 PCR 扩增全长 cDNA，获得足够的量用于文库的构建。将 cDNA 进行酶切片段化。通过 End Repair、加 A-tail 等进行 DNA 文库的构建和上机测序。

l 数据可视化分析：结合Visium CytAssist 仪器捕捉的明场图像，确定组织样本的在空间位置上的基因表达情况。

（2）检测平台要求：lllumina novaseq 6000 或DNBSEQ-T7。

2. 10x Visium CytAssist空间转录组测序技术参数

l 测序策略：双端测序PE100；

l 测序量：350M reads/sample；

l 原始数据质控预处理软件：10x genomics 官方软件 Space Ranger（version 2.0.1）；

l 基因比对软件：STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference）；

l 基因定量后质控数据标准化处理包：Seurat (version 4.3.0)；

l 空间细胞类型注释：SPOTlight（version 0.1.2）；

l 用户自主分析结果查看软件：10x genomics官方软件Loupe Browser (version 7.2.0 )；

3. 10x Visium CytAssist空间转录组测序分析内容展示

l 测序数据质量控制及基因定量：建库测序及数据分析部分由**欧易生****公司完成。高通量测序中产生的原始数据（raw reads）为 fastq 格式序列。采用 10x genomics 官方软件 Space Ranger（version 2.0.1） 对 Visium 空间转录组测序数据和明场显微镜切片图像进行处理，检测组织在芯片中的捕获区域，与参考基因组进行比对分析，并根据 Spatial barcode 信息，将每个 spot 的 reads 区分开来，并对总 spot 数、每个 spot 中的 reads 数、检测到的基因数以及 UMIs 数目进行统计，从而对样品的质量进行评估。

l 基因定量质控及数据预处理：在 Space Ranger 初步质控结果的基础上，使用 Seurat（version 4.3.0）软件包对数据进行进一步质控及处理。利用 sctransform 函数对数据进行归一化处理，检测高方差特征并将数据存储在 SCT 矩阵中。

l 降维与聚类分析：使用 Seurat 包中的 FindVariableGenes 函数筛选 Top 3000 个高变基因（HVGs, highly variable genes），利用高变基因的表达谱进行 PCA （主成分）降维分析，通过 UMAP（非线性降维）将结果在二维空间上进行可视化。

l 空间特征基因鉴定：使用 Seurat 包中的 FindAllMarkers 函数(test.use = bimod)进行 marker 基因鉴定，即找到每种细胞分类相对于其他细胞群差异上调表达的基因，这些基因就是每种细胞分类潜在的marker 基因。通过 VlnPlot 和 FeaturePlot 函数对鉴定得到的 Marker 基因进行可视化。

l 空间细胞类型注释：SPOTlight（version 0.1.2）是一款专门针对 10x Visium 技术开发的细胞类型鉴定软件，该软件基于非负矩阵分解（NMF）的反卷积算法，通过结合单细胞转录组数据（scRNA-seq）（及细胞类型 marker 基因信息）与空间转录组数据，推断每个 spot 位点中细胞类型的组成情况。

供应商资格要求

（1）具有合法经营资质的独立法人、其他组织；提供营业执照证明。

（2）自开展经营活动以来，未有过行贿犯罪记录；提供无行贿犯罪记录承诺函证明。

（3）参加本次采购活动前3年内在经营活动中无重大违法记录；提供无重大违。

（4）未被“信用中国”网站（www.****.cn）列入失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单。

（5）需准备所报项目的法人代表授权函，将加盖公章的授权函一并随报名材料发送至邮箱，市场调研当日需携带至现场。授权书内容包括，****公司名义签署并处理一切与之有关的文件和事务。

（6）服务类项目不允许分包和转包

本次公开的采购意向是本单位近期采购工作的初步安排，具体采购项目情况以相关采购公告和采购文件为准，本项目不可拆包，请各公司有意参选报名请发送邮件至****@qq.com，邮件标题为【项目名称+公司名+联系人+联系方式（请预留项目负责人可加微信的电话，后续通知微信告知）】，邮件内容为资格要求内容（须加盖公章）。如需现场报名，请携带相关资料并加盖公章，报名截止2025年5月6日。标书代写

项目联系人：秦老师 电话：****1186

地址：**市**区**中路301号 **** 采购中心