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项目编号:****
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项目名称:Stereo-seq空间转录组测序分析
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采购方式:公开询价邀请询价竞争性谈判竞争性磋商单一来源采购项目比选商品比选
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评审办法: 有效最低价 综合评估法
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项目类型: 技术服务
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预算金额***
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采购单位:***
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联系人:***
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电话:***
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地址:***
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邮箱:***
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Stereo-seq空间转录组测序分析 品牌:无 货号/型号:无 规格:5mm 5mm
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张
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1.样本:采用OCT包埋方式; 2.采用冷冻切片机切片制样,切片厚度≤10 μm; 3.RNA质检:RIN ≥ 7;4.芯片要求:空间转录组捕获芯片5张:规格为5 mm × 5 mm; 5.数据质量:每个样本测序数据量需大于等于1000M raw reads,Q30>80%,Bin200 MID中位数>7000。空间转录组测序捕获点直径<250nm,****中心间距400nm至600nm之间;6.提供测序及分析内容包括:(1)完成5例水熊虫样本的Stereo-seq空间转录组检测;(2)提供标准数据分析:测序数据质控;数据比对和基因表达定量(CID barcode 统计),细胞分割,图像配准,反卷积注释,组织区域识别,分割细胞核,空间差异基因分析;(3)基因功能富集分析:包括GO、KEGG、Reactome、富集弦图、Venn图分析、GSEA富集分析和GSVA富集分析;(4)高级数据分析:细胞人工定义、空间通讯、空间轨迹分析、拷贝数分析、WGCNA共表达分析
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