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项目编号:****
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项目名称:辐射照射大鼠组织样本的单细胞测序
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采购方式:公开询价邀请询价竞争性谈判竞争性磋商单一来源采购项目比选商品比选
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评审办法: 有效最低价 综合评估法
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项目类型: 技术服务
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预算金额***
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采购单位:***
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联系人:***
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电话:***
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地址:***
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邮箱:***
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辐射照射大鼠组织样本的单细胞测序 品牌:无 货号/型号:无 规格:6例
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1、完成6例大鼠组织样本的解离、标记建库、测序及分析; 2、正式实验前10个工作日必须提供一次大鼠组织样本预实验,并提供解离和细胞活性报告。 *3、细胞悬液、平台、测序和数据质控要求: a.细胞悬液要求:细胞活性≥85%,细胞浓度为700~1200cells/μl,结团率<5%,有核率>70%,细胞数大于50000; b.平台要求:利用CountStar荧光计数法进行细胞计数;利用10x GenomicsX平台及官方配套试剂完成样本捕获并构建文库,使用V4试剂。 c.测序需要求:要求使用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台进行PE150测序;测序质量要求:文库质检合格后,每个转录组文库测序数据量≥120G,测序Q30>85%,无GC分离; d.数据质控要求:测序数据基因组比对率≥85%,目标捕获细胞数浮动范围在20%以内,细胞平均reads>20k,细胞基因中位数≥1000; 4、须提供标准生信分析内容,主要包括:数据质控与过滤、细胞聚类及分群展示、细胞亚型分析、Marker基因(小提琴图、热图、映射图、dotplot图)分析、差异表达基因GO功能分析(柱状图、气泡图)、差异表达基因KEGG pathway功能分析(柱状图、气泡图)及可视化结果、细胞类型注释、结果报告完整解读; *5、具备独立分析团队,须提供高级生信分析内容,主要包括:细胞重新分群、拟时序分析、细胞间通讯分析(Cellchat分析方法和CellphoneDB分析方法)、基因集分析、样本间比较及GO或KEGG分析、基因表达展示(热图、散点图、小提琴图、气泡图)、拷贝数变异分析(inferCNV和copykat)、单细胞轨迹分析(CytoTRACE)、单细胞WGCNA分析、GSVA分析和GSEA分析; 6、具备熟悉掌握10x单细胞测序的技术人员、10x官方CSP认证(须提供仪器购买合同或租赁合同或有效发票或设备资产证明复印件证明); *7、所有检测产生的原始数据(raw data)及数据分析过程中产生的数据均需要交付,实验完成周期为收到样本后的30个工作日内。 *8、具备10X单细胞转录组数据云平台,可以不限时使用支持后续数据分析研究。
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