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项目编号:****
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项目名称:200例人外周血白细胞基因组DNA深度测序
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采购方式:公开询价邀请询价竞争性谈判竞争性磋商单一来源采购项目比选商品比选
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评审办法: 有效最低价 综合评估法
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项目类型: 技术服务
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预算金额***
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采购单位:***
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联系人:***
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电话:***
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地址:***
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邮箱:***
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200例人外周血白细胞基因组DNA深度测序 品牌:无 货号/型号:无 规格:套
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套
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一.样本提取质量要求 对白细胞样本进行DNA抽提后,进行质量检测,要求浓度在 50 ng/μL 以上,DNA琼脂糖凝胶电泳,有清晰的电泳条带,没有明显的降解,无 RNA 污染,无蛋白污染。 二.测序数据指标要求 基于 illumina Novaseq xplus平台 PE150 策略完成测序。 (1)测序质量要求:过滤后获得的有效数据在 Q20 水平≥ 95%;在 Q30 水平≥ 90%,碱基类型分布均匀,无 GC 分离。 (2)平均样本测序数据量(Raw Data)≥ 90G。 (3)数据交付包括原始 FAST 文件和按客户要求产生的基因组比对 BAM 文件。 三.分析内容要求 (1)数据下机后,对测序数据进行质量评估,并出相应的结题报告来展示项目的有效数据量、测序质量等全面的数据产量及质量信息, (2)有效测序数据通过 BWA对到参考基因组 (B37),得到 BAM格式的最初的比对结果。然后,Sambamba对比对结果进行排序;并标记重复reads(mark duplicate reads)。最后,利用重复标记后的比对结果统计测序深度及覆盖度; (3)进行突变检测及注释。 四.其他要求 可进行相关突变位点的筛选、文件拆分合并及筛查分析。
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