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| 本土犬种液相基因芯片配套潜质评估及辅助育种软件 | 1.0/套 | 1.总体架构要求 基于50K GBTS液相基因芯片数据开展配套潜质评估及辅助育种软件研发工作,系统需采用B/S架构或C/S架构,具备良好的可扩展性与数据安全性,支持局域网及单机部署。系统功能需涵盖数据录入与管理、遗传分析、潜质评估、决策支持、可视化展示、系统设置与用户管理六大核心模块,构建覆盖幼犬及种犬的多维度遗传潜质评估体系。评估体系由遗传标记模块、表型数据模块、环境校正模块构成,实现对警用性能和环境适应性潜质的精准预测。 2.功能模块技术参数 2.1 基因型信息管理模块 (1)支持警犬专用50K GBTS液相基因芯片测序基因型文件(PLINK格式、VCF格式等)批量导入与入库管理。 (2)支持**警犬核心材料档案,系统自动生成唯一核心材料编号。 (3)导入数据后自动计算并展示以下质控指标:导入状态、SNP缺失数量、SNP缺失率、纯合位点数、纯合位点比例、杂合位点数、杂合位点比例。 (4)支持查询与导出警犬工作潜质相关的优势碱基型数据。 2.2系谱信息管理模块 (1)支持警犬系谱表单文件(Excel/CSV格式)上传,搭建标准化系谱数据库。 (2)支持犬只多代亲缘关系(不少于三代)追溯查询。 (3)内置近交系数计算功能。 (4)具备系谱孟德尔遗传错误校验功能。 (5)支持系谱数据导出。 2.3表型数据管理模块 (1)支持自定义警犬各类工作潜质表型字段,按编号型、属性型、数值型三类字段类型进行分类管理。 (2)支持训练考核潜质打分数据的批量导入。 (3)提供数据筛选、排序及趋势查看功能,支持按犬只、时间、科目等多维度检索。 2.4 遗传分析工具模块 (1)内置亲缘关系矩阵(G矩阵)计算工具,基于基因型文件运算输出犬只个体间亲缘系数统计结果。 (2)提供全基因组关联分析(GWAS)功能,挖掘工作潜质关联显著SNP位点。 (3)提供主成分分析(PCA)功能,支持群体结构分析与可视化展示。 (4)提供进化树聚类分析功能,支持不同品系间遗传分化程度分析。 2.5 潜质评估模型模块 (1)集成不少于4种遗传评估模型,包括但不限于: ssBLUP(单步基因组最佳线性无偏预测) GBLUP(基因组最佳线性无偏预测) 随机森林(Random Forest) 贝叶斯系列模型(BayesA/BayesB/BayesC) (2)支持选择参考群体、设置模型参数,批量计算警犬各工作潜质基因组育种值(GEBV)。 (3)基因组遗传评估准确率不低于85%。 (4)评估范围覆盖以下5类警用性能潜质: 嗅觉、 胆量、凶猛性、衔取和耐力 (5)评估范围覆盖以下环境适应性潜质: 高原适应性 高寒适应性 高温适应性 (6)基于模型预测结果自动生成警犬基因潜质评估报告(PDF或Word格式)。 2.6 繁育选育看板模块 (1)可视化展示群体潜质育种值分布(箱线图、直方图、散点图等)。 (2)支持自定义综合选育指数,按工作科目(追踪、缉毒、护卫等)配置权重,自动计算犬只综合潜质得分并排序。 (3)提供种犬配种组合推荐功能。 (4)提供幼犬潜质评估及选训方向建议(追踪、缉毒、护卫等科目)。 2.7 系统设置与用户管理模块 (1)支持多级用户权限管理(管理员、技术员、普通用户等)。 (2)支持操作日志记录与审计追踪。 (3)支持数据定期备份与恢复。 | 1.配套服务:(1)供应商需完成软件系统的本地化部署、安装调试及用户培训。(2)乙方以敏捷迭代模式在**云开展软件开发调试、培训上线,每 5-10 个工作日更新版本供甲方实时查看测试并反馈书面修改意见,双方协同敲定需求细节(甲方拥有需求最终审定权)、密切沟通,项目完工后乙方交付全套资料并完成指定服务器部署,需求小幅调整双方互相告知确认,乙方需按期交付合格产品,甲方提供开发所需专业指导及配套**,双方均可监督项目进度、提出合理需求调整。最终交付版本不依赖云环境,可在本地独立运行。(3)每阶段工作完成后3个工作日内提交进度报告,包含实验进展、质量控制结果等。(4)项目完成后提供完整的技术文档,包括但不限于安装程序、源代码、开发文档、原始数据、质控报告、分析报告、软件设计说明书、软件性能测试大纲、第三方测试性能报告及操作维护手册等,同时提供数据存储介质(U盘或移动硬盘)2份。(5)免费提供2年的项目技术质保服务:包括但不限于相关数据后续分析及咨询服务,协助采购人解决科研过程中涉及的数据分析、软件升级等相关问题。质保期满后提供长期技术咨询服务及系统运行保障。(6)供应商应提供近3年内同类科研软件开发项目的业绩证明材料(合同复印件或验收报告),不少于2项。(7)供应商软件项目负责人应具有生物信息学或动物遗传育种相关领域的软件开发经验,并提供相应的学历证书及业绩证明材料(合同复印件或验收报告)。(8)供应商应提供详细的项目实施方案,包括项目团队组成、人员分工、开发计划及进度保障措施。 2.售后服务:质保期内供应商须保证及时响应(2小时内响应,24小时出方案)用户的服务需求并协调项目相关人员解决问题,如果问题不能在电话和远程维护解决,供应商应及时(48小时以内)派技术服务工程师现场解决问题,由此产生的差旅费用由供应商承担。 3.培训要求:供应商在技术服务期内组织不少于2次技术培训,培训对象为采购人科研团队成员(不少于3人),培训形式包括现场实操、线上指导等,确保参训人员熟悉安装部署、功能操作、模型配置、数据维护、测序数据解读、育种软件操作及基础数据分析方法。 ★4.知识产权归属:项目产生的本土犬种基因组数据、变异信息及软件代码及设计方案等知识产权归采购人所有,供应商仅可在本项目实施范围内使用相关数据,未经采购人书面许可不得用于其他商业或科研用途、不得向第三方披露。否则,采购人有权要求供应商承担损害赔偿责任。 ★5.具备完善的数据安全保障体系,供应商需对项目涉及的犬种基因组数据及科研成果承担保密责任。 |