三亚中心医院（海南省第三人民医院）临床样本免疫组库测序及数据分析项目邀请报价公告

序号

项目名称

内容概述

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临床样本免疫组库+转录组测序及

免疫组库-转录组数据联合分析

临床样本免疫组库测序及数据分析。

完成Bulk免疫组库测序数据质控、比对、纠错、序列过滤等预处理基础上，依托主流权威分析工具MiXCR与VDJtools，完成TCR/BCR免疫组库的精准注释、克隆型定量、多样性评估、组库特征挖掘及差异分析，系统解析样本免疫组库的组成结构、扩增特征、多样性水平及生物学功能特征，所有分析流程标准化、可溯源，符合免疫组库测序行业分析规范。具体分析包括但不限于以下内容：

1.RNA-Seq数据获取与预处理

2.免疫受体序列精准注释与克隆型鉴定

3. 免疫组库多样性特征分析

4. V/J基因 usage 分布特征分析

5. 克隆型扩增与聚类特征分析

6. 组间差异与特征富集分析

7. 高级分析内容

7.1、细胞水平联合：免疫细胞组分 + 克隆扩增关联

a) 基于 RNA-seq 反卷积得到免疫细胞比例，关联 VDJ 组库特征

bulkRNA-seq可以同时得到转录组水平信息和免疫组库特征，我们可以使用CIBERSORT等解卷积软件，对转录组信息进行分析，以得到CD8T、CD4T、Treg、B 细胞、浆细胞等各类免疫细胞占比，进而与 VDJ组库的多样性指数、寡克隆扩增程度、优势克隆占比、V/J 基因使用偏好等进行关联，** CD8T 细胞占比是否与 TCR 组库寡克隆程度正相关；B 细胞丰度与 BCR 克隆多样性、体细胞超突变水平关联。从而研究“免疫细胞数量” 和 “克隆是否发生抗原驱动扩增” 是否发生协同变化。

b) 转录组免疫通路活性与 VDJ 组库特征关联

对 RNA-seq 做 GSVA/ssGSEA，用各类已发表文章中的基因集，计算：细胞毒性、IFN-γ 应答、T 细胞耗竭、T 细胞活化、B 细胞分化、浆细胞通路打分；进而把通路打分和 VDJ 指标（Shannon、优势克隆频率、CDR3 长度分布、convergence 趋同性）做相关 / 组间比较，**：T 细胞耗竭通路高的样本，是否伴随 TCR 寡克隆扩增（慢性抗原刺激特征）。

7.2、多组学整合聚类，构建疾病分型新思路（RNA-seq 表达矩阵 + VDJ 组库特征矩阵）

从表达矩阵中，对组间进行差异分析后，筛选得到一部分存在显著差异的特征基因集，进一步联合VDJ组库特征，构建融合特征矩阵，通过各种聚类算法（如 kmeans、Hierarchical clustering），基于转录 + 免疫组库联合特征对样本进行分子亚型划分，探究出与临床表型、疾病进展上存在一致性的分型方式，为患者后续个性化诊疗方案的规划提出新思路。

7.3、构建预测模型，评估健康风险

各类疾病的早期筛查一直是医学界探究的一个重点方向，如何能快速、便捷且尽可能准确的对一个发生疾病作出提前预警也是一个非常关键的研究课题。众所周知，免疫系统的变化往往早于疾病的发生，这为我们利用免疫组库特征进行疾病早期预测提供了可能。通过转录 + 免疫组库联合特征，我们可以根据研究对象的不同，构建预测模型，对疾病的发生、进展、复发、生存等做出风险评估和预警