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| 10x Genomics单细胞转录 | 20.0/例 | 5250.0 | (1)实验平台与试剂要求 采用10x Genomics官方最新GEM-X技术平台(Chromium Controller、Chromium X/iX)及10x Genomics原厂原装GEM-X Universal 3' Gene Expression v4试剂盒开展单细胞捕获标记。供应商须具备10X Genomics单细胞转录组实验平台和Illumina NovaSeq X Plus测序能力,能够独立完成单细胞转录组测序及数据分析工作。 (2)细胞悬液制备与质检要求 对样本组织进行细胞解离制备单细胞悬液,使用Countstar S2智能细胞分析仪对单细胞悬液进行质检与准确计数,每个测序样本需满足:细胞活性≥90%,结团率≤5%,细胞浓度范围为400-1200cells/μL,细胞直径<40μm,有核率≥70%。 (3)cDNA制备与质检要求 构建GEMs (Gel Bead in Emulsion)完成单细胞分离和标签化,对GEMs破油处理后,采用磁珠纯化富集一链cDNA并完成cDNA扩增与质检。片段分布检测采用安捷伦2100、安捷伦5400等设备,文库浓度检测采用Qubit、QPCR等方法;需满足主峰cDNA浓度≥0.5ng/uL,片段大小主峰位置在1kb-2kb之间。 (4)测序文库质量要求 cDNA质检合格后构建二代测序文库,需满足:文库浓度≥1ng/uL,体积≥20ul,接头污染占比<10%,主峰片段大小在300-600bp之间;文库插入片段检测为单峰,分布均匀,呈标准正态分布。 (5)测序参数要求 使用Illumina NovaSeq X Plus高通量平台完成测序,测序模式为PE150;每个检测样本的总数据量不低于150G Raw data。 (6)生物信息分析要求 供应商需具备数据分析团队与服务器集群分析平台,提供专属高级单细胞转录组云分析流程,交互分析(不含云工具)需覆盖以下内容(提供云平台的相关截图): 1基础分析:包含测序数据统计html报告、细胞质量过滤与评估(过滤范围含线粒体、核糖体、红细胞(仅限动物样本)、双细胞等); 2标准分析1:降维与聚类分析,至少包含UMAP、tSNE可视化结果; 3标准分析2:细胞类型注释(线上至少包含7种注释方式,包含自建细胞类型marker基因数据库、5种注释软件)、细胞类群差异分析,至少包含火山图、MA图; 4标准分析3:针对筛选的细胞类型开展亚群细分、功能注释、基因集分析;其中功能注释至少覆盖GO、KEGG、NR、EggNOG、Swiss-Prot、Pfam、Reactome、DO和DisGeNet共9大数据库;基因集分析包含功能富集分析、聚类分析、Venn分析、GSEA富集分析等; 5个性化分析:提供≥10项个性化分析,至少包含Monocle3拟时序分析、细胞通讯分析、hdWGCNA分析、SCENIC转录因子分析、RNA速率分析、单细胞代谢分析、单细胞ssGSEA分析、恶性细胞CNV分析、单细胞反卷积分析;同时提供单细胞转录组云平台交互式报告拓展工具,满足更多个性化分析需求。 (7)云平台要求 1云平台拥有完善的资料体系,综述、FAQ、文献案例解析、视频教程、分析Tips五位一体。 2云平台可在线自主设置参数进行动态交互分析,灵活选择参数、计算方法、检验方法,自主上传临床因子。 3云平台具备个性化呈图方案:可进行项目中所有分析绘图的配色方案及字体一键化修改,个性化展示数据呈图结果。 4云平台提供辅助数据全方位分析的小工具,小工具≥400款。 (8)科研能力 2024年至今**客户文章不少于12000篇。提供以供应商名称为检索关键词,分别在MCBI、SPRINGER NATURELink、ScienceDirect官方平台检索所得的网页截图。 | (1) 本项目服务期为20天。(2) 质量保证期为1年。 | |||
| 5r 16s微生物多样性 | 300.0/例 | 150.0 | 1.DNA提取:在具有ISO 9001质****实验室操作,标准流程提取。 2.PCR扩增:对提取的DNA进行PCR扩增,提供PCR扩增报告。 3.建库测序:构建二代测序文库。使用Illumina 高通量测序平台进行测序,每个检测样本至少提供8万tags。 4.生物信息分析:供应商需具有数据分析团队和服务器集群分析平台,提供专属5R 16s微生物多样性云分析流程且交互分析(不包括云工具)完成以下分析(提供云平台的相关截图): (1)标准分析1:Alpha多样性分析(可提供9种Alpha多样性指数进行分析、8种指数类型进行稀释曲线分析)、物种组成分析(Venn图、Bar图、Pie图、Heatmap图)、Beta多样性分析(提供6种距离算法进行层级聚类分析、PCoA分析、菌群分型分析等)。 (2)标准分析2:物种差异分析(如多组比较、Lefse差异分析)、关联分析(如 VIF方差膨胀因子分析、RDA/CCA分析、相关性Heatmap、MaAsLin2分析等) (3)标准分析3:诊断模型构建与网络分析(如Random Forest分析、ROC分析、相关性网络)功能预测分析等。 5.科研能力:2025年至今**客户文章>10篇。 提供文章截图。 | (1) 本项目服务期为20天。(2) 质量保证期为1年。 |